Con la pandemia torna in auge la condivisione dei dati metagenomici

La condivisione dei dati genomici e metagenomici che fa bene alla scienza. Questi dati permettono di scoprire l’errore e/o la malafede

Dal 2016 al 2019 un articolo scientifico su cinque non ha rispettato
la prescrizione della condivisione dei dati genomici e metagenomici
pubblicati o utilizzati in uno studio. Lo rivela una indagine del
Consiglio nazionale delle ricerche pubblicata sulla rivista PLoS
Biology e Plos Magazine. La pandemia di SARS-CoV-2 invece ha ricordato
l’importanza della condivisione. Le irregolarità si registrano nelle
riviste più tecnologico/applicative e in quelle che pubblicano una
grande mole di articoli.

La ricerca in questione è stata condotta dal Gruppo di ecologia molecolare (Meg) dell’Istituto di ricerca sulle acque del Consiglio nazionale delle
ricerche (Cnr-Irsa) di Verbania, e supportata da molti studiosi
impegnati nella lotta all’antibiotico-resistenza. Un campo nel quale
questo problema ne crea altri, in quanto limita la conoscenza delle
caratteristiche dei tanti e diversi geni che conferiscono le
resistenze agli antibiotici, ponendo un gravissimo problema per il
futuro della medicina moderna. Il risultato dell’indagine è pubblicato sulla rivista PLoS Biology e su PloS Magazine

“La condivisione dei dati genomici e metagenomici è una buona
pratica ed è obbligatoria da più di un decennio per consenso
scientifico, supportato sia dalle azioni di “open data” di molti
governi che dalle publishing policies di tutti i principali editori,
poiché permette di meglio valutare la qualità biologica,
bioinformatica e statistica delle analisi prodotte e, consentendo
l’accesso al dato originale, di fugare il dubbio di errate
assunzioni”, spiega Gianluca Corno del Cnr-Irsa, tra gli autori dello
studio. “Non solo, questa tipologia di dati, pur essendo presentati in
pubblicazioni, sono a volte utilizzati nello studio solo in
piccolissima parte, di solito intorno all’1-2%, e se non vengono
depositati in database pubblici si perde un’enorme mole di conoscenza”.

La prassi degli ultimi anni

Il trend degli ultimi anni ha assunto un andamento negativo, tant’è
che nel lavoro pubblicato su PLoS Biology i ricercatori Cnr e gli
altri coautori, gli editori e revisori della rivista, tra i quali
Craig Venter e Holly Bic, richiamano il mondo scientifico ad una
maggiore accuratezza e cooperazione. “Un articolo senza questi dati
non permette di individuale l’eventuale errore, malafede e/o
superficialità di tutti i soggetti coinvolti nella pubblicazione”,
aggiunge Corno. “Tale comportamento coinvolge le riviste in misura
diversa, con picchi di irregolarità in quelle più
tecnologico/applicative o che pubblicano una grande mole di articoli,
a conferma di una competizione spinta all’estremo, più quantitativa
che qualitativa”. Il cosiddetto “publish or perish”.

“La pandemia di Sars-CoV-2 ci ha invece drammaticamente ricordato
l’importanza della condivisione dei dati metagenomici: proprio grazie
alla pronta disponibilità in tutto il mondo del genoma del Coronavirus
causa del Covid19 sequenziato in laboratori cinesi, molti centri di
ricerca a livello mondiale hanno potuto prontamente iniziare a
studiare il virus, le sue caratteristiche e a lavorare su vaccini e
farmaci specifici”, conclude Corno. “La mancata cooperazione invece
arreca danni enormi allo sviluppo del sapere, viene meno la
possibilità di progredire insieme in modo esponenziale, sommando
capacità e conoscenze. Solo attraverso risposte globali e cooperative
si può far fronte alla richiesta di conoscenza che giunge dal mondo
globalizzato”.